按照《黨和國家機構改革方案》，黨中央在金融、科技、社會、港澳方面組建了5個新機構，其中就包括組建中央港澳工作辦公室。港澳工作機構正式從國務院系統轉歸黨中央系統。領導體制的改革，將對港澳工作產生多方面撬動。

　　“一國兩制”已經納入國家治理體系的13項基本制度體系之一，成為治國理政總體方略的重要組成部分。因應港澳工作的新形勢，2020年中央港澳工作協調小組改為中央港澳工作領導小組，從“協調”到“領導”，職責更重要更全面，因而也需要配套強有力的辦事機構。組建中央港澳辦，是加強黨中央對港澳工作的集中統一領導，是以更大力度落實港澳工作方針的重要組織保障。

　　並且，港澳工作涉及黨、政、軍、群不同領域。就以剛剛閉幕的全國兩會來說，不僅全國人大常委會、國務院、全國政協常委會的工作報告中，都有不少內容涉及港澳，最高法、最高檢工作報告也同樣多處著墨。如最高法“基本實現內地與港澳民商事司法協助全覆蓋”，最高檢“堅決貫徹香港特別行政區維護國家安全法”等。“一府兩院”均由人大產生並接受監督，彼此間則是平行並立關係。過往的港澳辦是國務院辦事機構，屬於行政機關，難以從制度上和法理上統籌其他系統的港澳工作。

　　而黨的領導則是“總攬全局、協調各方”，落實到了國家治理各領域各方面各環節。此次改革，將港澳辦列入黨中央機構序列，在體制上更為優化理順，也更具權威，便於綜合協調黨務、人大、政府、政協、法院、檢察院以及軍隊、群眾團體等方方面面關係，加強謀劃，整合資源，形成港澳工作合力。

　　在組建中央港澳工作辦公室之後，還將繼續保留國務院港澳事務辦公室牌子。這種“一套班子，兩塊牌子”的模式，在部委之中並不鮮見。這便於在不同場合，根據需要以不同名義開展工作。現行機構中，如“中央台灣工作辦公室”與“國務院臺灣事務辦公室”，“中央保密委員會辦公室”與“國家保密局”，均是如此。